首页专业知识做生物界的GitHub，「Bio-protocol」与Science/AAAS合作，提高实验可重复性

做生物界的GitHub，「Bio-protocol」与Science/AAAS合作，提高实验可重复性

来源：晰数塔互联网快讯时间：2019年08月15日 11:52

生命科学的研究是一个漫长的过程，科学家的心血凝聚在一个个的实验中，科学家的成就体现在一篇篇的论文中，每一个激动人心的科学发现都是“站在巨人的肩膀上”。

可是，实验室之间的信息并不是共享、透明的。与互联互通的互联网相比，科研界是一个比较封闭的圈子。这种信息不透明，使科研工作者要花费大量时间去重复摸索别人已经探索过的实验。实验结果的重现率低是生命科学研究领域，特别是在临床前研究中始终存在的问题。2015年，《自然》期刊报道，美国因医学研究成果的可重复性低，每年造成资金浪费高达280亿美元。

当然，生命科学研究内在的复杂性是导致科研成果尤其是临床前研究结果难重现、难转化的一个主要因素。但不少调查研究还表明，另一个重要因素在于科学家发表的论文中，实验方案描述过于简单，关键实验试材来源不明确，内容准确与否缺乏评审。

基于此背景，「Bio-protocol」于2011年在美国硅谷诞生，将互联网开放共享的思维引入生命科学研究领域，搭建起一个可供科研工作者免费在线分享、评审、发布、讨论和更新高质量生命科学实验方案的开放平台，可被视为生物领域的“GitHub”，帮助实验信息流通，提升生命科学研究效率。

生物领域“GitHub”的建立，在提升信息流通效率的同时，也增加了保障信息质量的难度，如何能保障平台上实验方案的质量，Bio-protocol选择了沿用学术期刊的标准，从形式上来看，Bio-protocol不仅是“GitHub”，同时也是一本同行评审的在线学术期刊，通过学术期刊同行评审机制，以保证平台上所发布的实验方案质量，同时也让科学家更有动力投稿。

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Bio-protocol官方网站

截至目前，Bio-protocol吸引了全球上万名优秀生命科研工作者，包括诺贝尔医学及化学奖获得者Randy Schekman, Kurt Wüthrich，目前平台上已经发布了3000多篇实验方案，平均每月发表40-50篇。

36氪独家获悉，近日Bio-protocol与美国科学促进会AAAS建立了战略合作，双方会共同推进生命科学研究领域的透明化进程，提升科学研究成果的可重复性水平。

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2019年7月9日，AAAS与Bio-protocol签约仪式，照片摄于AAAS总部摄影: 《科学》期刊 A. Lee

左：《科学》系列期刊出版人比尔‧莫兰（Bill Moran）右：Bio-protocol创始人兼董事长何芳连

学术期刊中的论文，通常侧重于讲述实验结果及科学发现的重要性，较少会细节展示所采用的实验方案全貌。近年来，学术期刊出版社、杂志社也越来越意识到展示实验方案的重要性，因为需要确保论文中的实验能够被重复。Bio-protocol恰恰能给学术期刊带来一个很好的补充，凭借平台独特的、专业的同行评审机制，自 2016年起，Bio-protocol已与包括eLife,Journal of Cell Biology, Journal of Neuroscience, Journal of Biological Chemistry等在内的8家国际权威科学期刊、出版社建立长期合作关系，鼓励更多科研人员分享实验方案。

让36氪好奇的是，Bio-protocol与AAAS的合作，相比Bio-protocol此前与其他科学期刊、出版社的合作有什么不同？

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AAAS与Bio-protocol宣布合作

一方面，双方编辑将共同邀请《科学》系列期刊论文作者在Bio-protocol平台上发表实验方案，读者可通过论文中的链接直接访问Bio-protocol平台上相关方案内容。基于AAAS在学术界的权威性，此次合作将大大提升科研工作者对于实验方案共享重要性的认识，激励更多人加入到实验方案分享的行列中。

另一方面，Bio-protocol将和《科学》系列期刊合作为读者提供“方案索取”服务，如果在Bio-protocol上没有相关方法文章，论文中“方案索取” 的链接直接引导读者访问Bio-protocol“方法索取”网页，读者的需求将传递给文章作者，邀请其分享详实的实验方案。相比从前，仅由编辑向作者发出分享方法邀请的模式，与AAAS合作后，Bio-protocol将成为“用户需求驱动”为主导的实验方案共享平台，用户需求将驱动实验方案共享规模迅速提升。未来，每篇研究论文中使用的每一种方法，无论它多么基础或前沿，都将有详细版本发表在Bio-protocol或其他平台上并且直接能够链接，这将让重复一个已发表的实验方案成为一件更容易的事，这也正是Bio-protocol的愿景。

Bio-protocol从一个草根出版平台到获得全球顶尖科学家以及国际学术出版社的认可和支持，其背后是创始团队对科学的热情和对项目的坚持。这个项目主要是靠创始人自己的积蓄来支持。Bio-protocol创始人兼董事长何芳连博士表示，“Bio-protocol从一开始就决心要建立一个全球最大、最权威的实验方案分享平台，从根本上提高科研的重复性和高效性。之所以用自己的资金，主要是担心外来资金（例如VC）将无法保证Bio-protocol平台的学术性、专业性，甚至改变初衷和使命。”

何芳连博士是宾夕法尼亚大学博士、斯坦福大学博士后，具有超过15年分子生物学科研经验。创始团队成员包括，联合创始人兼CEO刘峥是哥伦比亚大学博士，美国临床病理医师协会注册病理医师，具有超过15年医学及医学信息学研究经验。联合创始人兼AI高级顾问林元庆是宾夕法尼亚大学博士，人工智能整体解决方案企业Aibee创始人兼CEO，曾任百度研究院院长。据介绍，Bio-protocol成立早期，创始团队成员还有地平线创始人兼CEO余凯，为Bio-protocol的成立与成长投入了很多精力与支持。从创始团队结构不难看出，Bio-protocol从诞生起就兼具生命科学研究的严谨态度与互联网开放的共享精神。

为了使平台走得更长远，Bio-protocol还需要在兼顾公益性的同时获取收益。 2018年，Bio-protocol获得了来自华创资本的天使轮投资，主要用于其商业化布局。Bio-protocol瞄准的赢利点是试剂耗材市场，其商业化主要策略之一是让实验方案、实验试剂的使用信息在线化、数据化、智能化，帮助科学家轻松获得所需的实验方法和试材，实现信息找人，让科学实验更容易的同时，也为试材厂商、经销商创造巨大商业价值。

生物实验试材具有客观的增长空间，据统计，未来五年全球试剂市场的年复合增长率预计将达到10%，预计从2019年的239亿美元，增长到2024年的424亿美元。根据Technavio的数据，到2021年，全球实验室耗材市场预计将超过125亿美元，年复合增长率超过5%。在试剂、耗材市场中，实验室的需求数据是很难获取的，而Bio-protocol正好具备获取实验方案、实验试剂数据的优势。

Bio-protocol联合创始人兼CEO刘峥博士表示，“Bio-protocol面向全球市场，近2-3年将聚焦在国内，因为中国经过政府多年来的持续投入，已经形成了一个体量巨大而且稳步增长的基础科研市场。此外中国正在经历医药改革，仿制药利润的急剧下降将直接导致生物制药产业在下一个阶段大幅增加研发投入。因此中国的医药创新正在经历快速增长，我们预期会有很多中小规模的研发型生物医药公司出现，这正是国内生命科学发展的机遇期。Bio-protocol作为一个对接国际学术标准、需求与国内科研机构及企业的桥梁，希望能够助力国内科研机构和企业把握这一难得的机遇。”